国立遺伝学研究所様の世界最高レベルの生命科学研究を支えるIT基盤システムを受注

当社は、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構国立遺伝学研究所 (所在：静岡県三島市、所長：小原雄治)様より、遺伝学・ゲノム科学・生命情報学分野における、世界最高レベルの生命科学研究を支えるIT基盤システムを、一般競争入札の結果、2006年8月31日に受注しました。

本システムは、国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センターが運営し、三大国際DNAデータバンクのひとつである、日本DNAデータバンク（DNA Data Bank of Japan、以下、DDBJ）を中心に、データベースの登録・提供サービスや、検索・解析サービスを提供するシステムです。当社のUNIXサーバ「PRIMEPOWER（プライムパワー）」、PCサーバ「PRIMERGY（プライマジー）」、ストレージシステム「ETERNUS（エターナス）」、XML型データベースエンジン「Interstage Shunsaku Data Manager（インターステージシュンサクデータマネージャー）」をベースにしたShunsakuサーチャ専用機を中心に構成されます。

新システムは、2007年3月に稼働する予定です。

IT基盤システム構築の経緯

国立遺伝学研究所生命情報・DDBJ研究センターは、欧州の生命情報学研究所（EBI）、米国の国立バイオテクノロジー情報センター（NCBI）とともに、三大国際DNAデータバンクとしてDDBJを運営しています。

DDBJは、全世界の研究者がDNAの塩基配列データを登録する「国際塩基配列データベース」であり、生命情報・DDBJ研究センターは、日本における国際的な生命科学研究の拠点として、次の5つのサービスを提供しています。

塩基配列データを所定のフォーマットで登録・公開する「データベース構築・提供サービス」
すでに登録されている塩基配列データとの類似を検索する「相同性検索サービス」
DDBJのデータベースをキーワードで検索できる「キーワード検索サービス」
遺伝子の構造や特性を調べる「大規模解析サービス」
生体内における遺伝子の発現情報を蓄積する「遺伝子発現データ登録公開サービス」

DDBJには、現在、約6,100万件、650億塩基対の塩基配列データが登録されていますが、その登録件数は1990年代後半から加速したゲノム配列解読により年率約1.5倍という爆発的な勢いで増大しています。

また、DDBJへのアクセスは現在1日約2万件であり、かつ、各種の検索・解析サービスといったDDBJの研究事業に対する研究所外からの利用と期待も増大の一途をたどっており、すでに現在のシステムでの対応は限界に近づいています。

さらに、既存データの検索や解析要求の多様化のために、塩基配列データベースを使用目的に合わせて加工したデータベースや、多種多様な生物系データベースの提供、これらのデータベースをもととした高度な解析機能の提供も求められています。

こうした状況を踏まえ、国立遺伝学研究所様は、塩基配列データと、それ以外の多種多様なデータの連携、検索や解析などのサービスの高速化と安定化を目的に、新システムの構成を検討されました。

一般競争入札の結果、高性能、高信頼を誇る当社のUNIXサーバ「PRIMEPOWER」、センター運用にも対応したPCクラスタ（PCサーバ「PRIMERGY」による）、および世界最大のディスク容量と、世界最高のI/O処理性能を実現する当社のエンタープライズディスクアレイ「ETERNUS8000」、高速な処理を実現する当社のXML型データベースエンジン「Interstage Shunsaku Data Manager」をベースにしたShunsakuサーチャ専用機を中心とする当社システムを採用されました。

IT基盤システムの概要

新システムでは、従来より提供している「データベース構築・提供サービス」、「大規模解析サービス」「相同性検索サービス」、「キーワード検索サービス」、「遺伝子発現データ登録公開サービス」などのほかに、国立遺伝学研究所様のサービスを利用されるお客様のご要望にお応えする新たなサービスとして、「国際アミノ酸配列データアノテーション公開サービス」、「文献検索サービス」が提供される予定です。

新システムは、主に以下の機器より構成されます。

UNIXサーバ「PRIMEPOWER 2500」：データベース構築・提供サービス、大規模解析サービスに使用
PCクラスタ（PCサーバ「PRIMERGY RX200 S3」）：大規模解析サービスサービス、相同性検索サービスに使用
エンタープライズディスクアレイ「ETERNUS8000」：各サービスに使用
「ETERNUSバーチャルディスクライブラリ」：アーカイブに使用
ネットワークサーバ「IPCOM」：基幹ネットワークに使用
HPCプログラム開発／実行環境「Parallelnavi」：大規模解析サービスに使用
XML型データベースエンジン「Interstage Shunsaku Data Manager」をベースにしたShunsaku専用機：キーワード検索サービスに使用
バイオ分野のソフトウェア「BLAST」、「HMMER」との互換性を確保した超高速相同性検索ソリューション：相同性検索サービスに使用

商標について

記載されている製品名などの固有名詞は、各社の商標または登録商標です。

以上

本件に関するお問い合わせ

科学ソリューション事業本部科学統括営業部

電話: 03-6252-2554 (直通)

Shunsakuサーチャ専用機について

バイオIT事業開発本部大規模システム開発室
電話: 03-5480-8623 (直通)
［受付時間：午前9時～午後5時30分、土曜日・日曜日・祝日・年末年始を除く］

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